消化系统不成熟
婴幼儿的消化系统发育不成熟，酶的活性较差，但营养需要相对又高，印厂肠道负担重。如果喂养不当，过多地加喂淀粉类、脂肪类食物，或者一次进食过多等，都可能引起消化功能的紊乱，导致腹泻。
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免疫功能不成熟
婴幼儿时期的神经系统、内分泌系统、循环系统以及肝、肾功能均未成熟，调节机能较差，免疫功能也不够成熟，当有病原菌随受污染的食物进入体内后，易造成腹泻。
轮状病毒感染
另一个病因主要是由于轮状病毒感染所引起（致病微生物可随污染的食物或水进入宝宝消化道），这种情况多发生于人工喂养的宝宝。宝宝所用的器皿或食物如不经过消毒或消毒不到位，即有感染的可能。病毒也会通过呼吸道或水源感染，这种情况多发生在8～12月，以9～11月为最高峰。
温差大
秋季气温变化大，忽冷忽热。温度变化引起感冒、腹部受凉以及各种感染，这些都将导致腹泻。
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